De Zoogdiervereniging werkt samen met verschillende organisaties op het gebied van Natuur en Milieu zoals:
- Vereniging Onderzoek Flora en Fauna (VOFF)
- Platform Soortenbeschermende Organisaties (PSO)
- Stichting WILDzoekers, de jeugdclub van verschillende natuurorganisaties
- IUCN-NL: Nederlands comité voor de International Union for the Conservation of Nature
